ルカ・ワンジョヒ氏は、ウガンダにある国際ポテトセンターの地域シニア・ナレッジマネジメント・アソシエイトであり、サツマイモの遺伝的進歩と革新的種子システム（SweetGAINs）プロジェクトに携わっています。ワンジョヒ氏は、地域コミュニケーションスペシャリストのビビアン・アタコス氏に、統計が情報の収集と共有を効率化することで、植物育種における飛躍的進歩をどのように促進しているかについて話を聞きました。

Q: 植物育種というと、統計やデータ収集が必ずしも最初に思い浮かぶものではありません。改良された植物品種の開発と普及において、データ管理はどのような役割を果たしているのでしょうか？

LW： データは研究活動の核心と言えるでしょう。Sweet GAINsは様々な国で様々なパートナーと活動しており、それぞれがデータ収集や研究活動の管理方法が異なります。データに基づいた選抜判断を成功させるには、適切かつ高度に標準化されたデータ管理活動が不可欠です。植物育種家は、適切な選抜判断を行うためにデータに頼っています。品種をリリースする前に、私たちは何を置き換えるのかを理解したいと考えています。なぜある国で新しい品種のリリースが必要だと考えるのでしょうか。

Q:  現代の育種プログラムによって生成されたデータを体系化しないことのリスクは何ですか?

LW： データの収集と特性の定義が標準化されていない場合、データの共有は困難になります。データを体系的に管理する方法がなければ、データ生成時に現場にいなかった人がそのデータを扱うのに苦労する可能性があります。さらに、データを体系化しないと、多くのエラーが発生したり、データが失われたり、破損したデータが収集されたりするリスクがあります。そのため、いわゆる「データキュレーション」と呼ばれる、費用がかかり面倒なプロセスを行わない限り、データを活用することは非常に困難になります。キュレーション後でも、一部のデータは失われたり、使用できなくなったりするでしょう。

データ収集と管理を標準化することで、植物育種家は互いの研究成果を活かすことができる。従来、データ収集はプロジェクトごと、サイトごとに標準化されていなかったため、誤解や時間の浪費につながっていた（写真：イザベル・コルティエ/CIP)

Q: 植物育種におけるデータ管理に標準操作手順を実装することが重要なのはなぜですか?

LW： これらの標準操作手順（SOP）の導入によって得られる明確なメリットは、試験設計の実施方法において、高品質なデータのための明確な基準を設定できることです。デジタル化へのアプローチは、データの収集方法、使用する改良された機器などを管理します。もう一つのメリットは、収集したデータが、私たちが活動する様々な環境や国において、現在そして将来にわたって比較可能なデータであることを保証できることです。

Q: プログラム全体でデータを標準化しないことで生じる課題は何ですか?

LW： 将来、共同分析を行うには、標準化された命名システムが必要です。高度な試験と予備的な試験を区別するために、同じオントロジーを使用しています。例えば、以前、サツマイモのレトロウイルス病が植物にどのような影響を与えているかを調べたいと考えましたが、以前はウイルスが植物に与える影響の重症度に基づいて、あるグループが1から5のスケールでスコア付けしていたため、困難でした。その後、別のプログラムでは1から3のスケールでスコア付けし、別のプログラムでは1から9のスコア付けシステムを使用していました。オントロジーとは、これらのスコアを標準化し、プログラム間で同じスコアになるようにすることです。また、すべてのデータのストレージを一元管理するためにBreedBaseを使用しています。これにより、さまざまな（プログラムの）遷移にわたって試験データを追跡し、作業の早い段階で潜在的な問題を特定することができます。分析を行う直前に、間違ったデータを収集または保存していたことに気付くような事態を防ぐことができます。

Q:  データの収集と管理は、ブリーダーが望ましい特性をターゲットにし、作業を効率化し、全体的なコストを削減するのにどのように役立ちますか?

LW： 効率的なデータ管理プロセスは、育種家が迅速かつ費用対効果の高いデータ収集を行うことを支援します。これにより、育種家は大量のデータを収集・分析し、作業を支援するための選抜決定を下すことができます。育種家は通常、多数の系統を扱っています。ウガンダでの試験では、7000区画を対象とした試験で、7000区画に約XNUMXのエントリーがありました。多数の系統を扱う場合、迅速かつ効率的にデータを収集できることが望まれます。これをデジタルで実行できるプロセスを導入することで、デジタル化中に誤ったデータ転記のリスクを伴う紙の入力を回避できます。当社のツールには、適切なデータを収集していることを確認するか、データ入力を可能な限り制限するためのチェック機能が組み込まれています。収集できるのは許容可能な値のみです。これにより、データが既にデジタル化されているため、迅速なデータ分析が可能になり、同僚やデータ分析を支援する他の人々と迅速かつ簡単に共有できます。

Q: バーコードの使用がどのように情報の効率化に役立っているか教えてください。

LW： 私たちは以前からバーコードラベルを多用しています。プログラムには、スクリーンハウス内や圃場での資材にラベルを印刷することが推奨されています。バーコードラベルの本質は、特定の系統や特定の遺伝子型が複数の作業圃場間でどのように移動したかを追跡できるようにすることです。私たちのデータベース「BreedBase」は、圃場に設置された区画ごとに固有のIDを生成し、このIDをバーコードに付与しています。これにより、圃場から収穫まで、そして分析のために研究室に持ち込む時期など、特定の品種のパフォーマンスを追跡することができます。

Q: 育種プログラムに標準操作手順を導入することを検討している他の組織に対して、何かアドバイスはありますか?

LW： SOPは生きた文書であることを学びました。参照文書があれば、人々が戻って簡単に参照し、地域中に散らばっている人々をサポートすることができるため、開発が必要でした。私からのアドバイスは、開発は今日行っている活動の一部であるべきだということです。最初は小さなことから始め、現在の手順を文書化してください。育種チーム、そして実際に育種活動を実施している人々と繰り返し作業を行い、この文書を継続的に改善するよう努めてください。完璧な文書を完成させることを目指してはいけません。まずは1つ作成し、その後はチーム全員の協力を得て、育種プログラムのすべてのプロセスと日常的な活動を網羅するように努めてください。そうすることで、時間をかけて、プログラムで行っているすべての活動を網羅し、可能な限り包括的な文書が完成するでしょう。

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